1870 жылдан осы соңғы жылдарға дейін физиологияда фотосинтездің алғашқы өнімі формальдегид делінді. Осыдан формальдегид теориясы пайда болды. Формальдегид теория бойынша фотосинтез процесінде алғаш пайда болатын өнімі — формальдегид, яки соған ұқсас радикал химиялық формуласы /СН20/ болып келетін заттар. Бұл заттың полимеризациялануы нәтижесівде қантты заттар, ал олардан басқа органикалық заттар пайда болады. Формальдегид теориясының кемшіліктерін жоғарыда атаған болатынбыз. Біріншіден, формальдегид теория-сына қайшы келетін жағдай — зат алмасу процесінде өсімдік формальдегидті қабылдамайды.
Екіншіден, егер өсімдікті толық қараңғылықта тек көмірсулармен ғана қоректендірсек, өсімдіктің тіршілік жағдайы мүлдем нашарлайды.
Демек, фотосинтез нәтижесінде өсімдік жапырағында формальдегид тіпті пайда болмайды және тек көмірсу ғана пайда болып қоймай, басқа да заттар пайда болуы мүмкін. Яғни фотосинтез процесінде қабылдаған С02-нің органикалық заттарға айналу жолдары көп болуға тиіс.
Қазіргі кезде қантты заттар — өсімдік организмінде тіршілік жүруінің универсалды заты деген теорияның көптеген кемшіліктері анықталып отыр. 1894 ж. В.В. Сапожников фотосинтез нәтижесінде әртүрлі өсімдіктің жапырақ алақанында түзілетін заттардың біркелкі болмайтындығын ашады, яғни өсімдіктердің фотосинтез процесінде тек көмірсулар ғана пайда болып қоймай, сонымен бірге белоктар да түзіледі екен. Фотосинтез процесінде түзілетін осы көмірсулар мен белоктардың бір-біріне қатынасы жапырақтардың жасына, жарықтың күшіне және азотпен қоректенуіне қарай өзгеріп отырады.
Проф. А. А.Ничипорович таңбаланған атомдар әдісін қолдану арқылы фотосинтез өнімдерінің құрамы мен фотосинтетикалық аппараттың жүмысының бағыты өсімдіктер түрлерінің ерекшеліктеріне, олардың физиологиялық күйіне және қоршаған орта жағдайларына байланысты екендігін анықтады. Басқа да зерттеулерге қарағаҢда қоректік ортада нитраттар жеткіліксіз болса, өсімдіктің ассимиляциялаған қантты заты толығымен жапырақ алақанынан табылған. Егер қоректік ортада азотты заттар жеткілікті болса, онда өсімдіктің ассимиляциялаған органикалық затының басым бөлігі азотты қосылыстар болған.
Сөйтіп; жоғарыда айтылған проф. В.В. Сапожников-тың көзқарасы кейінгі кездегі жаңа әдістермен жүргізген зерттеулердің нәтижесінде дүрыс дәлелденумен бірге, ары қарай дамытылуда. Сонымен бірге, фотосинтетикалық жүмыстың бағытына жарықтың спектралдық құрамының да, оның ішінде қызыл және көк сәулелердің бір-біріне қатынасының тигізетін әсерінің күшті екендігі көрсетіледі. Мысалы, қызыл жарық сәуле көмірсулардың көбірек түзілуіне жағдай жасаса, ал көк — белоктар мен органикалық қышқылдардың түзілуіне жағдай жасайды екен. Кейбір зерттеушілердің пікірінше көк сәуледе / жарықта/ белоктардың көп мөлшерде түзілуі — көк сәулелердің квантының куаты, қызылдікіне қарағанда екі еседей артық болуынан. Демек, фотосинтез процесінде алғашқы өнім ретінде тек көмірсу ғана пайда болады деу де қате.